Das Feodor-Lynen-Gymnasium führt den naturwissenschaftlich-technologischen (NTG) und den wirtschaftswissenschaftlichen Zweig (WSG-W). Kennzeichnend sind die Fächer Natur und Technik (Klasse 5-7), Physik (ab der 8. Klasse), Chemie (ab der 8. Klasse) und Profilstunden, die in den Fächern Physik und Chemie eigene Experimentiertätigkeit der Schüler erlauben.

Die Intensivierungsstunden dienen der Förderung der Schüler in den Kernfächern Deutsch, 1. und 2. Fremdsprache sowie Mathematik und dem Einüben schüler- und handlungsorientierter Unterrichtsmethoden und der Entwicklung von Lernstrategien.

Wir legen großen Wert auf die Förderung der muttersprachlichen und fremdsprachlichen Kompetenz sachgebunden als Basis von Begriffsbildung, Erfassen und Durchdringung von Problemstellungen und Versprachlichung von Lösungen.
Aber auch an einem naturwissenschaftlichen Gymnasium sollen geschliffener Ausdruck, Freude am Lesen und am eigenen Schreiben und die Beschäftigung mit Literatur hoch geschätzter Bestandteil der Ausbildung sein. Die Schule bietet Englisch als 1. Fremdsprache, Latein oder Französisch als 2. Fremdsprache und Spanisch als spät beginnende Fremdsprache an.

Im Fach Geografie können mit "feo goes international" andere Kulturen hautnah erlebt werden. Es besteht ein Schüleraustausch mit den USA und mit Frankreich.
Regelmäßig werden verschiedene Fahrten (klassengebunden oder klassenübergreifend) durchgeführt.

Die Nähe der Schule zum Max-Planck-Institut in Martinsried erlaubt uns immer wieder Praktika mit denen wir die Schüler an moderne Fragen der Biologie und ihre Bedeutung hinführen. Die Nähe zum Biologicum der Ludwig-Maximilians-Universität erlaubt Besuche in den Instituten und das Erleben von "Naturwissenschaft live".

Kennzeichnend für die wirtschaftswissenschaftliche Ausrichtung sind unsere Betriebspraktika, Schülerfirmen und die Schulpartnerschaft mit der Fa. Siemens.

An der Schule gibt es eine lebendige Wettbewerbskultur. Wir engagieren uns in der mathematisch-naturwissenschaftlichen Förderung (z.B. Känguru-Wettbewerb und "Experimente antworten" für die Unterstufe), "Schüler experimentieren" und dem Geographie-Wettbewerb vorwiegend für die Mittelstufe sowie seit Jahren erfolgreich bei "Jugend forscht".

Die Studierfähigkeit unserer Absolventen unterstützen wir durch die jährliche Durchführung der Methodentage und durch spezielle "Unitage" in der Oberstufe. Seit 2007 ist das Feodor-Lynen-Gymnasium Referenzschule der Technischen Universität München.

Großen Wert legt die Schule auf die ästhetische und musische Erziehung. In der Musikklasse wird die Möglichkeit zum Erlernen eines Instruments und zu gemeinsamem Musizieren angeboten Eine fördernde Auswirkung auf Konzentrationsfähigkeit und kognitive Leistungsfähigkeit als Nebenprodukt kann die Schule nur bestätigen. Weiteres Engagement ist in der Theatergruppe, im Kunstpark Feo oder bei der Schulhausgestaltung gegeben.

Gleichbedeutend neben den kognitiven Inhalten stehen eine zeitgemäße Werteerziehung und die sozialwirksame Schule. Neben der Arbeit als Tutoren, Mediatoren, in der Hausaufgabenbetreuung oder in der Nachhilfebörse beteiligen sich unsere Schüler bei "Kinder laufen für Kinder" beim jährlichen Würmtaler Gedenkmarsch und in wechselnden sozialen Projekten.

Die Schule wird mit einem offenen Ganztagesangebot, bestehend aus vorwiegend vormittäglichem Pflicht- und nachmittäglichem Wahlunterichtsangebot geführt. Ein warmes Mittagessen und Pausenverpflegung am Kiosk können zu moderaten Preisen erworben werden.